حالات عدم تطابق تحليل الزواج تكون عندما يكون احد الزوجين حاملا لبعض الامراض الوراثية وامراض الدم ومنها مرض الثلاسيميا الذى يعمل على تكسير كرات الدم الحمراء ويؤدى الى الاصابة بفقر الدم المنجلى والامراض الجنسية التى اذا اصيب بها احد الزوجين فتنتقل من طرف الى الاخر مع العلاقة الحميمة مثل السيلان والايدز وكذلك مرض التهاب الكبد الوبائي فاذا ثبت اصابة احد الطرفين بمثل هذه الامراض فبالتالى لا يحدث تطابق فى تحليل الزواج