بالنسبة لختان الذكور و هو ازالة جلد القلفة بالعضو الذكري ، و يتم ذلك للوقاية من بعض الامراض مثل امراض الجهاز البولي و عدواته ، و الاصابة بالبكتريا و الزهري ،وتقليل فرص الاصابة بالامراض المنتقلة جنسيا مثل الايدز ، و بفضل التبكير في عملها خلال الايام الاوائل بعد الولادة و لكن ليس يوم الولادة
اما ختان الاناث و هو ازالة الجلد الزائد اعلى الفرج ، و يتم ذلك نوعا ما للحد من شهوتها الجنسية و لتقليل التعرض للاصابة بالتهاب البظر او الحساسية المفرطة خاصة اذا كان متضخم ، و لكن هناك من يجري عملية الختان بازالة اجزاء اكبر مثل الطريقة الفرعونية او الحبشية التي تتضمن تضييق المهبل بالخياطة و هنا تكون عواقبه وخيمة مثل الاصابة بالبرود الجنسي و انخفاض الرغبة و التضييق يسبب اللالام عند الجماع
و قد تم منع ختان الاناث في كثير من البلدان العربية
